Марбургский университет наряду с Гейдельбергским, Гёттингенским, Тюбингенским и Фрайбургским относится к числу исторических германских университетов, сформировавших на протяжении многих веков Германию как общеевропейский центр науки и просвещения.
Марбургский университет возник как главный немецкий протестантский университет. Известен своими давними традициями неприятия обскурантизма.
В 1527 году ландграф-протестант Филипп Великодушный основал в Марбурге университет, который до сих пор носит его имя. Первыми аудиториями Марбургского университета были здания католических монастырей. В 1541 году гессенскому ландграфу удалось добиться утверждения императором статуса университета и предоставления ему полагающихся имперских привилегий.
Старый актовый зал
С включением в 1866 году провинции Гессен в состав Королевства Пруссия прусское правительство во главе с канцлером Бисмарком стало уделять повышенное внимание развитию университета (тогда он назывался Королевским прусским университетом) как научно-исследовательского учреждения в области естественных наук и промышленности.
С приходом к власти нацистов Марбургский университет подвергся унификации и переустройству — нелояльно настроенных режиму профессоров и студентов изгоняли и подвергали репрессиям. Возрождение университета начинается в 1950‑е годы, а в 1960‑е годы университет переживал самый настоящий бум — резко увеличился преподавательский состав, были построены многие новые корпуса. Тогда же на холмах вокруг Марбурга появился второй университетский центр Lahnberge в составе ряда научно-исследовательских институтов и знаменитой в Европе университетской клиники.
В настоящее время в университете 16 факультетов: юридический, экономический, философский, психологический, протестантской теологии, истории и культурологии, германистики и искусствоведения, иностранной филологии, математики и информатики, физический, химический, фармацевтики, медицины, географический, биологический, педагогический.
